Pendidikan Progam Pascasarjana diarahkan untuk mendidik periset untuk memelihara dan mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi serta melakukan inovasi di bidang tersebut. Lulusan Program Pascasarjana antara lain dipersiapkan untuk menjadi tenaga pengajar di perguruan tinggi, perencana, pengembang atau penelitian di berbagai instansi.

Awal berdiri Program Pascasarjana Universitas Sebelas Maret (PPs UNS) dimulai dari pembukaan Program  Kegiatan Pengumpulan Kredit (KPK) Program Studi Pendidikan Sejarah yang  menginduk pada Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Negeri  Jakarta yang dimulai pada tahun 1986.

Program KPK tersebut berada di bawah pengelolaan  Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) UNS. Pada akhir tahun 1997  di UNS dibuka Program Studi Linguistik berdasarkan Surat Keputusan (SK)  Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi (Dirjen Dikti) Departemen  Pendidikan dan Kebudayaan (DEPDIKBUD) Republik Indonesia (RI) No.  414/DIKTI/Kep./1997, dan pada tahun 1998 dibuka pula Program Studi Ilmu  Lingkungan berdasarkan SK Dirjen Dikti Depdikbud RI No.  161/DIKTI.Kep/1998.

Pembukaan dua program studi tersebut mengawali  berdirinya PPs UNS pada tahun 1998. Pada awalnya PPs UNS atas  kebijaksanaan Rektor UNS, hanya dikoordinasi oleh seorang koordinator  PPs yang membawahi dua program studi tersebut. Tahun berikutnya, tahun  1999 berdirilah lima program studi, yaitu Program Studi Teknologi  Pendidikan, Program Studi Pendidikan Kependudukan dan Lingkungan Hidup  (PKLH), Program Studi Ilmu Kelahragaan, Program Studi Kedokteran  Keluarga, dan Program Studi Magister Manajemen.

Dengan bertambahnya lima program studi tersebut PPs UNS  memiliki tujuh program studi. Maka oleh Rektor UNS ditunjuklah seorang  Direktur PPs UNS, seorang Asisten Direktur (Asdir) bidang Akademik dan  seorang Asdir bidang Administrasi dan Keuangan.

Perkembangan jumlah program studi di PPs UNS meningkat dari tahun ke tahun yang meliputi program Strata 2 (S-2) dan program strata 3 (S-3).

PROGRAM STRATA 2 (S-2), meliputi:

1. Pendidikan Sejarah
2. Linguistik, minat utama: a.Linguistik Deskriptif, b.Linguistik Penerjemahan 
3. Ilmu Lingkungan, minat utama: a.Ekosistem Air Tawar, b.Pengelolaan Sumber Daya Air (PSDA) 
4. Pendidikan Kependudukan dan Lingkungan Hidup (PKLH), minat utama: a.Pendidikan Kependudukan dan Lingkungan Hidup, b.Pendidikan Geografi 
5. Ilmu Keolahragaan
6. Teknologi Pendidikan, minat utama: a.Teknologi Pendidikan, b.Medical Education
7. Magister Manajemen, minat utama: a.Manajemen SDM, b.Manajemen Pemasaran, c.Manajemen Keuangan Syariah
8. Magister Kedokteran Keluarga, minat utama: a.Pelayanan Profesi Kedokteran, b.Pendidikan Profesi Kesehatan, c.Ilmu Biomedik
9. Pendidikan Matematika
10. Pendidikan Bahasa Indonesia 
11. Prodi  Pendidikan Sains
12. Ilmu Komunikasi, minat utama: a.Manajemen Komunikasi, b.Riset dan Pengembangan Teori Komunikasi
13. Ilmu Hukum, minat utama: a.Hukum Kebijakan Publik, b.Hukum Bisnis, c.Hukum Pidana Ekonomi, d.Hukum Ekonomi Islam
14. Agronomi 
15. Penyuluhan Pembangunan, minat utama: a.Ilmu Penyuluhan Pembangunan, b.Manajemen Pengembangan Masyarakat
16. Ilmu  Gizi, minat utama: a.Human Nutrition, b.Clinical Nutrition 
17. Magister Administrasi Publik (MAP)
18. Biosains
19. Magister Ekonomi dan Studi Pembangunan 
20. Pendidikan Bahasa Inggris 
21. Magister Teknik Sipil 
22. Magister Akuntansi
23. Kajian  Budaya
24. Sosiologi
25. Ilmu Fisika
26. Pendidikan Ekonomi 
27. Agribisnis
28. Teknik Mesin
29. Kenotariatan
30. Seni Rupa

PROGRAM STRATA 3 (S-3), meliputi:

1. Lingustik, minat utama: a.Linguistik Deskriptif, b.Linguistik Terapan Bidang Pengajaran Bahasa, c.Linguistik Terapan Bidang Penerjemahan, d.Linguistik Pragmatik
2. Ilmu Hukum 
3. Pendidikan Bahasa Indonesia 
4. Penyuluhan  Pembangunan, minat utama: a.Manajemen Pelatihan, b.Bisnis dan UKM, c.Promosi Kesehatan, d.Corporate Social Responsibility
5. Ilmu  Ekonomi, minat utama: a.Manajemen, b.Akuntansi, c.Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan
6. Ilmu  Lingkungan, minat utama: a.Manajemen Sumber Daya, b.Pengelolaan Air Tawar, c.Kesehatan Lingkungan
7. Ilmu  Pendidikan
8. Ilmu Pertanian
9. Ilmu Kedokteran

PROGRAM PENDIDIKAN DOKTER SPESIALIS (PPDS)

1. Obstetri dan Ginekologi (Mandiri)
2. Psikiatri (Mandiri)
3. Ilmu Bedah (Mandiri)
4. Pulmonologi (Mandiri)
5. Orthopaedi dan Traumatologi (Mandiri)
6. Ilmu Penyakit Dalam (Mandiri)
7. Ilmu THT dan Bedah Kepala Leher (Mandiri)
8. Ilmu Kesehatan Anak (Mandiri)
9. Anestesiologi dan Reanimasi (Mandiri)
10. Patologi Klinik (Mandiri)
11. Penyakit Jantung dan Pembuluh Darah (Mandiri)
12. Ilmu Penyakit Saraf (mandiri)